I middelalderen var Fladstrand en lille klynge af fiskerhuse udenfor Fladbakke. Fiskelejet lå beskyttet bag Hirsholmene og blev allerede i 1600 brugt som en flådebase og befæstede med skanser og et krudttårn. Fladstrand blev til Frederikshavn da Kong Frederik VI byggede en statshavn i 1805, men først i 1818 fik byen købmandsrettigheder.
Havnen blev en dynamo for det lille fiskersamfund som hurtigt voksede sig til en driftig havneby med værfter, en motorfabrik, godstransport og færgedrift. I dag er havnen stadigvæk byens krumtap i erhvervsudviklingen. Havneområdet huser ca. 80 virksomheder, med i alt 1800 arbejdspladser indenfor færgeselskaber, værfter, maritime servicer og udvikling, spedition og fiskeeksport.
Frederikshavns beboere er stolte af deres by, trods store forandringer i de seneste år. Byen har formået at bevare sit specielle nordjyske præg med en omgængelig og lun befolkning, som alle er meget hjælpsomme.