Bornholmstrafikken blev grundlagt i 1866 af danske lokale forretningsmænd fra Bornholm. Oprindelig var rederiets navn ’Dampskibsselskabet på Bornholm af 1866 A/S’ og rederiet var kendt som ’66-selskabet’. Indtil 1973 var Bornholmstrafikken styret som et privatejet selskab, men det blev derefter overtaget af den danske stat under Akt. 272, og blev nydøbt Bornholmstrafikken, styret som et statsejet rederi. På trods af at rederiets ruter har været til salg siden da, blev resultatet at Bornholmstrafikken forsat leverer servicen til og fra Bornholm.
I maj 2005 introducerede rederiet to nye færger i dets nye farver. Bornholmstrafikkens formål er at transporterer passagerer, post og varer til og fra den danske ø.