BornholmerFærgen blev grundlagt i 1866 af danske loakel forretningsmænd fra Bornholm. Oprindeligt var færgeselskabets navn ’Dampskibsselskabet på Bornholm af 1866 A/S’ og færgeselskabet var kendt som ’66-selskabet’. Indtil 1973 var BornholmerFærgen styret som et statsejet færgeselskab. På trods af at færgeselskabets ruter har været til salg siden da, blev resultatet at BornholmerFærgen fortsat leverer servicen til og fra Bornholm.

Frem til november 2010 var BornholmerFærgen kendt som Bornholmstrafikken.